مديريت برنامه، بودجه، تحول اداري و بهره‌وري مسووليت برنامه‌ريزي و اجراي طرح‌هاي مناسب در جهت تحقق اهداف و سياست‌هاي شهرك را براساس مصوبات هيأت امنا، هيأت اجرايي، شوراي علمي و هيأت رئيسه برعهده دارد. مسووليت‌هاي اين مديريت در سه بخش اصلي نظارت و ارزيابي، برنامه‌ريزي و بودجه خلاصه مي‌شود.

برنامه‌ ريزي: اهم وظايف و مسووليت‌هاي مديريت برنامه، بودجه، تحول اداري و بهره‌وري در بخش برنامه‌ريزي عبارتند از:

• برنامه‌ريزي و ارائه طريق براي بهبود روش‌هاي انجام كار و تحول اداري و بهره‌وري
• تهيه و تدوين گزارش عملكرد ساليانه شهرك
• همكاري و مشاركت در فرآيند تعيين اهداف، برنامه‌هاي توسعه‌اي و مطالعات استراتژيك شهرك
• نظارت بر فعاليت‌هاي مرتبط با طراحي چشم‌انداز، مأموريت، اهداف استراتژيك و راهبردي شهرك
• مطالعه و بررسي مستمر در سازمان و وظايف واحدهاي تابعه به منظور برنامه‌ريزي و تفكيك و تقسيم صحيح وظايف بين واحدها و جلوگيري از تكرار و تداخل وظايف شهرك
• مديريت و نظارت بر گزارش‌هاي تهيه شده توسط واحدهاي مختلف شهرك
• مديريت امور مربوط به تهيه پيش‌نويس سياست‌ها و برنامه‌ها، آيين‌نامه‌ها و دستورالعمل‌هاي تهيه شده جهت تصويب در مراجع مرتبط
• برنامه‌ريزي براي بهبود مستمر مديريت و افزايش بهره‌وري در فرايند آموزش، پژوهش و فناوري با عنايت به شايسته‌سالاري، ابتكار، خلاقيت و افزايش مشاركت و انعطاف سازماني
• بررسي سياست‌ها و برنامه‌هاي تنظيم شده توسط واحدهاي مختلف و هماهنگ كردن آنها براي تصويب نهايي در هيأت امنا، كميسيون دائمي، هيأت اجرايي، شوراي علمي و هيأت رئيسه شهرك
• تهيه و تنظيم نمودار سازماني (تشكيلاتي) و تهيه و تنظيم پستهاي سازماني متناسب با وظايف و مسئوليت‌هاي واحدهاي تابعه شهرك با همكاري واحدهاي ذي‌ربط
• بررسي پيشنهادات واحدها در مورد تغيير و اصلاح پست‌هاي سازماني و شرح وظايف و تهيه گزارشات لازم و انجام اقدامات ضروري جهت رفع مشكلات سازماني آن‌ها
• تهيه و تنظيم آمارهاي لازم درباره فعاليت‌ها، نيروها و عوامل موجود در شهرك و واحدهاي تابعه (پرسنلي و بودجه)، به منظور اعمال نظر صحيح و منطقي در مديريت شهرك
• بررسي و سنجش طرح‌ها و برنامه‌هاي شهرك از نظر كارآيي و اثربخشي

• جمع‌آوري بودجه‌هاي پيشنهادي توسط واحدهاي مختلف و بررسي برنامه‌ها و اعتبارات مورد پيشنهاد
• تلفيق و تنظيم بودجه‌هاي پيشنهاد شده در قالب اهداف و خط‌مشي كلي شهرك
• نظارت بر نحوه مصرف اعتبارات و سنجش ميزان پيشرفت عمليات در هريك از واحدها
• دفاع از بودجه پيشنهاد شده در مراجع رسيدگي
• ابلاغ بودجه مصوب به هر يك از واحدها و تعيين منابع بودجه‌اي و پيگيري دريافت و توزيع تخصيص‌ها
• نگهداري حساب و دفاتر اعتبارات بودجه‌اي برحسب فعاليت و برنامه‌هاي اجرائي شهرك و نظارت بر اجراي بودجه واحدها
• بررسي و مبادله بودجه تفصيلي اعتبارات جاري و عمراني با وزارت متبوع
• بررسي و مبادله موافقت‌نامه‌هاي مربوط به فعاليت‌هاي عمراني با سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور و استان اصفهان

• تدوين سيستم نظارت و ارزيابي كاركنان شهرك، واحدهاي شهرك، روند رشد واحدهاي فناوري مستقر در شهرك و خدمات ارائه شده به واحدهاي فناوري
• انجام ارزيابي مربوط به عملكرد كاركنان و واحدهاي ستادي شهرك
• انجام ارزيابي مربوط به بررسي روند رشد واحدهاي فناوري مستقر در مراكز رشد شهرك (ساليانه)
• نظارت بر انجام ارزيابي مربوط به واحدهاي فناوري مستقر در پارك علم و فناوري شيخ بهايي (ساليانه)
• ارزيابي خدمات ارائه شده به واحدهاي فناوري مستقر در شهرك و واحدهاي ارائه دهنده خدمات
• تجزيه و تحليل اطلاعات بدست آمده از سيستم ارزيابي و ارائه نتايج آن به واحدهاي مربوطه
• شناخت مشكلات و موانع سيستم‌هاي ارزيابي و تلاش در جهت اصلاح و بهينه‌سازي آن‌ها
• اجراي مصوبات و دستورالعمل‌هاي شوراي نظارت و ارزيابي آموزش عالي
• بررسي و ارزيابي مستمر كاركرد گروه‌هاي تحقيقاتي و واحدهاي تابعه شهرك و ارائه گزارش به معاونت‌هاي ذيربط شهرك
• ارتباط با دانشگاه‌ها و موسسات پژوهشي و فناوري معتبر جهان و كسب اطلاع از نحوه تلاش‌ها و دستاوردهاي نوين در زمينه نظارت و ارزيابي عملكرد شهرك و استفاده بهينه از آن

• تهيه برنامه سالانه آموزش ضمن خدمت كاركنان شهرك و پيگيري حضور كاركنان در دوره هاي آموزشي مصوب
• كمك به اجرايي شدن قانون حمايت از شركت‌ها و موسسات دانش بنيان